天然溫泉在地底下以還原態存在，氧化性的消毒殺菌劑如氯系、臭氧與二氧化氯等會破壞天然溫泉的還原性成分而使溫泉性質丕變，使硫化氫、硫代硫酸根、亞鐵〔Fe2+〕、砷〔As3+〕、亞硝酸等天然溫泉特有的性質產生變化；其中硫化氫、硫代硫酸根被氧化成硫磺和硫酸；亞鐵被氧化成紅褐色的氫氧化鐵成為不溶性的沉淀物；如果溫泉中有殘余氯的話，硫磺泉和鐵泉將不復存在；砷〔As3+〕與亞硝酸將被氧化變成As5+和硝酸；若酸性泉用氯則會使得有毒的氯氣產生，堿性泉則會降低氯的殺菌效果；含有腐植酸質的著色泉加氯則會被破壞，殘余氯甚至將產生有毒的三氯甲烷等等；這些改變使得天然溫泉的消毒殺菌要較一般的游泳池和自來水的消毒顯得復雜許多，其主要原因就是要在不破壞天然溫泉成分的情況下解決溫泉的消毒殺菌問題，保護天然溫泉的療效，維護傳統泡湯養生文化的延續，兼顧合理的溫泉衛生管理。
公共浴池衛生管理要領「公共浴池衛生管理要領修正條文」
●公共浴池應使用氯系藥劑消毒，且應經常測量浴池水中的自由余氯的濃度，并且持續保持在0.2至0.4ppm 之間，自由余氯濃度大不可超過1.0 ppm。
●如果浴池水的性質或其他條件導致無法使用氯系藥劑的情況、或是浴池水的酸堿度pH較高，導致氯系藥劑殺菌減弱、或是以臭氧殺菌等其他方法進行適當的消毒措施者，則不在此限制之內。
附注1
如果浴池水是使用溫泉為水源時，應事前進行調查溫泉成分和氯系藥劑是否有沖突。
附注2
所謂氯系藥劑不能使用的情況有下列：低酸堿度pH的泉質會導致有毒氯氣外溢的情況、含高量有機質的泉質，氯系藥劑的投入有困難的情況、沒有循環配管的浴池，其溫泉補充量量大，自由余氯濃度維持困難的情況等，這些不適合加入氯系藥劑的場合，其浴池應每日換水，并對浴池、過濾器及循環配管充分地清潔與消毒，防止生物膜的生成。
附注3
若是使用氯系藥劑作為高酸堿度pH泉質的消毒時，為保證對退伍軍人癥菌屬的有效殺菌效果，須要提高自由余氯濃度至0.5～1.0 ppm劑量且加長接觸時間，以作充分的消毒。
附注4
臭氧、紫外線、銀離子與光觸媒殺菌等消毒方法，應與氯系消毒藥劑并用，以保障殺菌的。同時，如果采用臭氧殺菌等其他消毒方法時，應有退伍軍人癥菌屬殺菌驗證。
附注5
使用臭氧殺菌時，高濃度的臭氧對人體有害，應備有活性炭等臭氧廢氣的處理裝置，在浴池水中不應該有含臭氧的氣泡存在。
附注6
使用紫外線殺菌時，應考慮紫外線的透射率、浴池水的溫度與照度。同時，保護紫外線燈的石英管若有沾粘污漬時其殺菌效力將降低，因此平時管理時應保持石英管的清潔。
